Lễ bốc thăm được tổ chức vào ngày 15 tháng 10 năm 2019 tại khách sạn Sofitel ở Manila, Philippines.[8][9] 11 đội tuyển trong giải đấu nam đã được rút thăm chia thành hai bảng 5 đội và 6 đội. Bốn nhóm sẽ được sử dụng để bốc thăm với các đội tuyển được hạt giống theo thành tích lần trước của họ trong Đại hội Thể thao Đông Nam Á 2017. Đương kim vô địch Thái Lan và chủ nhà Philippines được hạt giống trong Nhóm 1.[10]

Liên đoàn bóng đá Việt Nam đã đệ đơn khiếu nại liên quan đến việc xếp hạng hạt giống của đội tuyển U22 quốc gia Việt Nam vào Nhóm 4 cho giải đấu bóng đá nam gây nghi vấn về việc đội tuyển U22 của họ giành được 10 điểm ở vòng bảng của đại hội năm 2017 đã được xếp hạt giống thấp hơn so với hai đội giành được ít điểm hơn nhưng lại được xếp hạt giống Nhóm 3 (Myanmar có 9 điểm và Singapore có 6 điểm).[11] Việt Nam sau đó được chuyển lên Nhóm 3 và Singapore được chuyển xuống Nhóm 4.[12]